Η εγκατάσταση HAARP είναι ικανή να στέλνει ραδιοκύματα στην ιονόσφαιρα. Καθώς τα κύματα χτυπούν την ιονόσφαιρα, τη θερμαίνουν, προκαλώντας ελαφρές διαταραχές, παρόμοιες με αυτές που προκαλεί η ηλιακή ακτινοβολία, αλλά σημαντικά ασθενέστερες. Στόχος είναι να μελετηθεί πώς αυτές οι διαταραχές επηρεάζουν τις επικοινωνίες μικρών και μεγάλων αποστάσεων. Το μεγαλύτερο μέρος της έρευνας που διεξάγεται με τη χρήση των εγκαταστάσεων είναι δημόσιο, όπως και η μελέτη περιβαλλοντικών επιπτώσεων που διενεργήθηκε για την εγκατάσταση από διάφορους ανεξάρτητους φορείς. Ένα µικρό µέρος της έρευνας είναι στρατιωτικού ενδιαφέροντος και τα αποτελέσµατα αυτής της έρευνας δεν δηµοσιεύονται. Η έρευνα αυτή αφορά τις ραδιοεπικοινωνίες μεγάλων αποστάσεων και τις υποβρύχιες επικοινωνίες, για τις οποίες η χρήση ραδιοκυμάτων που ανακλώνται από την ιονόσφαιρα φαίνεται να παρουσιάζει σημαντικές δυνατότητες.

Η βασική έρευνα που διεξάγεται με τη χρήση του HAARP αφορά τη μελέτη των φυσικών φαινομένων που προκύπτουν από την αλληλεπίδραση της ηλιακής ακτινοβολίας και των ραδιοκυμάτων με την ιονόσφαιρα. Η εφαρμοσμένη έρευνα αφορά τη χρήση των επιδράσεων που παράγονται στην ιονόσφαιρα στην τεχνολογία, ιδίως στον τομέα των τηλεπικοινωνιών.

Η τοποθεσία της εγκατάστασης είναι η βέλτιστη επειδή προσφέρει μια μεγάλη ποικιλία ιονοσφαιρικών συνθηκών προς μελέτη[9]. Η τοποθεσία προσφέρει επίσης μια ήσυχη ηλεκτρομαγνητική τοποθεσία, καθώς δεν υπάρχουν γύρω πηγές θορύβου, όπως μπορεί να παράγονται από κοντινές πόλεις ή βιομηχανικούς οικισμούς[9]. Η παρακολούθηση πραγματοποιείται με παθητικά όργανα σε συνεχή βάση και τα δεδομένα που συλλέγονται επεξεργάζονται και διατίθενται μέσω διαγραμμάτων στον επίσημο δικτυακό τόπο[10]- η εκπομπή υψηλών συχνοτήτων, από την άλλη πλευρά, πραγματοποιείται στο πλαίσιο διαδραστικών εκστρατειών μελέτης που διεξάγονται από ερευνητικές ομάδες.

Χρησιμοποιείται για έρευνα από πανεπιστήμια (δημόσια και ιδιωτικά) στον τομέα των τηλεπικοινωνιών. Κατά περιόδους, λόγω του μεγάλου ενδιαφέροντος που δημιουργείται γύρω από την εγκατάσταση, επιτρέπεται η πρόσβαση του κοινού στις εγκαταστάσεις. και κυβερνητικές υπηρεσίες καθώς και εμπορικές εταιρείες που ενδιαφέρονται για νέες τεχνολογίες.

Ορισμένες θεωρίες συνωμοσίας, που στερούνται αντικειμενικών στοιχείων και έχουν διαψευστεί από την επιστημονική κοινότητα, περιγράφουν το HAARP ως ένα έργο που επιδιώκει απόκρυφους σκοπούς, που κυμαίνονται από τη δημιουργία ενός υποθετικού ηλεκτρομαγνητικού όπλου για τη δημιουργία σεισμών έως τον έλεγχο του κλίματος. Τέτοιες ψευδοεπιστημονικές εικασίες σχετίζονται κυρίως με τη θεωρία συνωμοσίας για τα chemtrails, ενώ όλες έχουν κοινό παρονομαστή τις θεωρίες συνωμοσίας του David Icke και των υποστηρικτών του.

Οι περισσότερες από αυτές τις θεωρίες έρχονται σε πλήρη αντίθεση με τους νόμους της φυσικής, και ακόμη και στις περιπτώσεις όπου υπάρχει μια μικρή δόση αληθοφάνειας, τα φαινόμενα που περιγράφονται θα απαιτούσαν δυνάμεις χιλιάδες ή εκατομμύρια φορές μεγαλύτερες από αυτές που αναπτύσσει το HAARP (ή ακόμη και από αυτές που θα μπορούσε θεωρητικά να αναπτύξει). Με έναν απλό υπολογισμό, είναι δυνατόν να εκτιμηθεί η μέγιστη πυκνότητα ισχύος (η ισχύς σε κάθε μεμονωμένο σημείο) των σημάτων που εκπέμπει το σύστημα. Για παράδειγμα, σε υψόμετρο 100 km (στην ιονόσφαιρα) η χρήση και των 180 κεραιών της εγκατάστασης θα έχει ως αποτέλεσμα μια επηρεαζόμενη περιοχή (100*100)/180=55 km² (κάθε κεραία θα πλήξει μια περιοχή ίση με το τετράγωνο της απόστασης και 180 κεραίες θα παράγουν μια δέσμη 180 φορές στενότερη και 180 φορές ισχυρότερη από μια μεμονωμένη κεραία). Η μέγιστη ισχύς που αναπτύσσεται από την εγκατάσταση είναι 3,6 MW (3,6 εκατομμύρια βατ), η οποία διαιρούμενη με την περιοχή που επηρεάζεται (55 km²), δίνει την απορριπτική ισχύ των 0,07 βατ ανά τετραγωνικό μέτρο. Επιπλέον, λαμβάνοντας υπόψη το κέρδος των κεραιών (31 dB), η ισχύς μειώνεται περαιτέρω σε 0,03 Watt ανά τετραγωνικό μέτρο, που είναι περίπου ίση με την ισχύ ενός κινητού τηλεφώνου που κρατείται σε απόσταση ενός μέτρου. Η ακτίνα, αφού ανακλαστεί από την ιονόσφαιρα, διασκορπίζεται σε μια περιοχή δεκάδων χιλιάδων τετραγωνικών χιλιομέτρων, οπότε η πυκνότητα ισχύος της ηλεκτρομαγνητικής ακτινοβολίας που φτάνει στο έδαφος είναι της τάξης των εκατομμυριοστών του βατ ανά τετραγωνικό μέτρο, χαμηλότερη από εκείνη οποιασδήποτε οικιακής συσκευής. Επομένως, ακόμη και αν ήταν δυνατόν να επηρεαστεί το κλίμα ή η γεωλογία με ηλεκτρομαγνητικά κύματα (και μέχρι στιγμής δεν έχει βρεθεί ή υποτεθεί κανένας μηχανισμός που να το επιτρέπει), η ισχύς που μπορεί να παραχθεί από το HAARP δεν θα ήταν επαρκής.