La instalación HAARP es capaz de enviar ondas de radio a la ionosfera. A medida que las ondas golpean la ionosfera, la calientan, causando ligeras perturbaciones, similares a las causadas por la radiación solar, pero considerablemente más débiles. El objetivo es estudiar cómo afectan estas perturbaciones a las comunicaciones de corta y larga distancia. La mayor parte de la investigación que se lleva a cabo en las instalaciones es de dominio público, al igual que el estudio de impacto ambiental realizado en las instalaciones por una serie de organismos independientes. Una pequeña parte de la investigación es de interés militar y los resultados de esta investigación no se publican. Esta investigación se refiere a las radiocomunicaciones de larga distancia y a las comunicaciones submarinas, para las que el uso de ondas de radio reflejadas desde la ionosfera parece mostrar un potencial considerable.

La investigación básica que se lleva a cabo con HAARP se refiere al estudio de los fenómenos naturales resultantes de la interacción de la radiación solar y las ondas de radio con la ionosfera. La investigación aplicada se refiere a la utilización de los efectos producidos sobre la ionosfera en la tecnología, especialmente en el campo de las telecomunicaciones.

La ubicación de la instalación es óptima porque ofrece una amplia variedad de condiciones ionosféricas para estudiar[9]. El sitio también ofrece una ubicación electromagnética tranquila, ya que no hay fuentes de ruido circundantes, como las que pueden producir las ciudades cercanas o los asentamientos industriales[9]. El monitoreo se lleva a cabo mediante instrumentación pasiva de forma continua, y los datos recopilados se procesan y ponen a disposición a través de diagramas en el sitio web oficial[10]; La emisión de alta frecuencia, por su parte, se lleva a cabo como parte de campañas de estudio interactivas realizadas por grupos de investigación.

Es utilizado para la investigación tanto por universidades (públicas como privadas) en el campo de las telecomunicaciones. Periódicamente, dado el gran interés que se genera en torno a la instalación, se permite el acceso público a las instalaciones. y organismos gubernamentales, así como empresas comerciales interesadas en las nuevas tecnologías.

Algunas teorías conspirativas, carentes de evidencia objetiva y refutadas por la comunidad científica, describen a HAARP como un proyecto en pos de propósitos ocultos, que van desde la creación de un arma electromagnética hipotética para crear terremotos hasta el control del clima. Tales especulaciones pseudocientíficas están relacionadas en su mayoría con la teoría de la conspiración de los chemtrails, todas teniendo un denominador común en las teorías de la conspiración de David Icke y sus partidarios.

La mayoría de estas teorías están en marcado contraste con las leyes de la física, e incluso en los casos en que hay un mínimo de plausibilidad, los fenómenos descritos requerirían poderes miles o millones de veces mayores que los que desarrolla HAARP (o incluso los que teóricamente podría desarrollar). Con un simple cálculo, es posible estimar la densidad de potencia máxima (la potencia en cada punto individual) de las señales emitidas por el sistema. Por ejemplo, a una altitud de 100 km (en la ionosfera) el uso de las 180 antenas de la planta dará como resultado un área afectada de (100*100)/180=55 km² (cada antena golpeará un área igual al cuadrado de la distancia, y 180 antenas producirán un haz 180 veces más estrecho y 180 veces más potente que una sola antena). La potencia máxima desarrollada por la instalación es de 3,6 MW (3,6 millones de vatios), que dividida por la superficie afectada (55 km²), da la irrisoria potencia de 0,07 vatios por metro cuadrado. Además, teniendo en cuenta la ganancia de las antenas (31 dB), la potencia se reduce aún más a 0,03 vatios por metro cuadrado, aproximadamente igual a la de un teléfono móvil sostenido a un metro de distancia. El rayo, una vez reflejado por la ionosfera, se dispersa en un área de decenas de miles de kilómetros cuadrados, por lo que la densidad de potencia de la radiación electromagnética que llega al suelo es del orden de millonésimas de vatio por metro cuadrado, inferior a la de cualquier electrodoméstico. Por lo tanto, incluso si fuera posible influir en el clima o la geología con ondas electromagnéticas (y hasta ahora no se ha encontrado ningún mecanismo o hipótesis para hacerlo), la energía que puede generar HAARP aún no sería suficiente.