HAARP rajatis on võimeline saatma raadiolained ionosfääri. Kui lained tabavad ionosfääri, kuumutavad nad seda, põhjustades kergeid häireid, mis sarnanevad päikesekiirguse põhjustatud häiretega, kuid on oluliselt nõrgemad. Eesmärk on uurida, kuidas need häired mõjutavad lühi- ja kaugsidet. Enamik rajatiste abil tehtud uuringutest on avalikustatud, nagu ka keskkonnamõjude uuring, mille mitmed sõltumatud asutused on rajatise kohta läbi viinud. Väike osa teadusuuringutest pakub sõjalist huvi ja nende tulemusi ei ole avaldatud. Need teadusuuringud on seotud pikamaa raadioside ja allveelaevade sidevahenditega, mille puhul tundub, et ionosfäärist peegelduvate raadiolainete kasutamine pakub märkimisväärset potentsiaali.

HAARPi abil läbiviidavad alusuuringud on seotud loodusnähtuste uurimisega, mis tulenevad päikesekiirguse ja raadiolainete ning ionosfääri vastastikmõjust. Rakendusuuringud on seotud ionosfäärile avalduvate mõjude kasutamisega tehnoloogias, eelkõige telekommunikatsiooni valdkonnas.

Seadme asukoht on optimaalne, sest seal on võimalik uurida mitmesuguseid ionosfääri tingimusi[9]. Samuti pakub see asukoht vaikne elektromagnetiline asukoht, kuna puuduvad ümbritsevad müraallikad, nagu võivad tekitada lähedalasuvad linnad või tööstusasulad[9]. Seiret teostatakse passiivsete mõõteriistadega pidevalt ning kogutud andmeid töödeldakse ja tehakse diagrammide kaudu kättesaadavaks ametlikul veebilehel[10]; kõrgsagedusemissiooni seevastu teostatakse uurimisrühmade poolt läbiviidavate interaktiivsete uurimiskampaaniate raames.

Seda kasutavad teadusuuringuteks nii (riiklikud kui ka eraõiguslikud) ülikoolid telekommunikatsiooni valdkonnas. Arvestades rajatise ümber tekkinud suurt huvi, võimaldatakse perioodiliselt avalikkusele juurdepääs rajatiste külastamiseks. ja valitsusasutustele ning uutest tehnoloogiatest huvitatud äriettevõtetele.

Mõned vandenõuteooriad, mille kohta puuduvad objektiivsed tõendid ja mille teadusringkonnad on ümber lükanud, kirjeldavad HAARPi kui projekti, mille eesmärk on saavutada okeptilisi eesmärke, alates hüpoteetilise elektromagnetilise relva loomisest maavärinate tekitamiseks ja lõpetades kliimakontrolliga. Sellised pseudoteaduslikud spekulatsioonid on enamasti seotud keemiliste jälgede vandenõuteooriaga, mille ühine nimetaja on David Icke ja tema toetajate vandenõuteooriad.

Enamik neist teooriatest on vastuolus füüsikaseadustega ja isegi juhtudel, kus on vähegi usutav, nõuaksid kirjeldatud nähtused tuhandeid või miljoneid kordi suuremaid jõudusid kui need, mida HAARP arendab (või isegi kui see teoreetiliselt võiks arendada). Lihtsate arvutustega on võimalik hinnata süsteemi poolt kiirgavate signaalide maksimaalset võimsustihedust (võimsus igas üksikus punktis). Näiteks 100 km kõrgusel (ionosfääris), kui kasutada kõiki 180 antenni, on mõjutatav ala (100*100)/180=55 km² (iga antenn tabab ala, mis on võrdne kauguse ruuduga, ja 180 antenni tekitab 180 korda kitsama ja 180 korda võimsama kiirte, kui üks antenn). Maksimaalne võimsus, mida rajatis arendab, on 3,6 MW (3,6 miljonit vatti), mis jagatud mõjutatud pindalaga (55 km²), annab tuletatud võimsuse 0,07 vatti ruutmeetri kohta. Lisaks sellele, kui võtta arvesse antennide võimendust (31 dB), väheneb võimsus veelgi 0,03 vattini ruutmeetri kohta, mis on ligikaudu võrdne ühe meetri kaugusel hoitava mobiiltelefoni võimsusega. Ionosfäärist peegeldunud kiirgus hajub kümnete tuhandete ruutkilomeetrite suurusel alal, nii et maapinnale jõudva elektromagnetilise kiirguse võimsustihedus on suurusjärgus miljonikümnendik vatt ruutmeetri kohta, mis on väiksem kui mis tahes koduseadme võimsustihedus. Seega, isegi kui oleks võimalik elektromagnetlainete abil mõjutada kliimat või geoloogiat (ja siiani ei ole leitud ega oletatud, et see oleks võimalik), ei oleks HAARPi poolt genereeritav võimsus ikkagi piisav.