L'impianto HAARP è in grado di inviare onde radio nella ionosfera. Quando le onde colpiscono la ionosfera, la riscaldano, provocando lievi perturbazioni, simili a quelle causate dalla radiazione solare, ma notevolmente più deboli. L'obiettivo è studiare come queste perturbazioni influenzino le comunicazioni a breve e lunga distanza. La maggior parte delle ricerche, condotte utilizzando le strutture, è di dominio pubblico, così come lo studio sull'impatto ambientale condotto sulla struttura da una serie di enti indipendenti. Una piccola parte della ricerca è di interesse militare e i suoi risultati non vengono pubblicati. Questa ricerca riguarda le comunicazioni radio a lunga distanza e le comunicazioni sottomarine, per le quali l'uso delle onde radio riflesse dalla ionosfera sembra mostrare un notevole potenziale.

La ricerca di base condotta con HAARP riguarda lo studio dei fenomeni naturali derivanti dall'interazione della radiazione solare e delle onde radio con la ionosfera. La ricerca applicata riguarda l'utilizzo degli effetti prodotti sulla ionosfera nella tecnologia, in particolare nel campo delle telecomunicazioni.

La posizione della struttura è ottimale perché offre un'ampia varietà di condizioni ionosferiche da studiare[9]. Il sito offre anche una posizione elettromagnetica tranquilla, poiché non ci sono fonti di rumore circostanti, come quelle prodotte dalle città o dagli insediamenti industriali vicini[9]. Il monitoraggio viene effettuato con strumentazione passiva su base continua e i dati raccolti vengono elaborati e resi disponibili attraverso diagrammi sul sito web ufficiale[10]; l'emissione ad alta frequenza, invece, viene effettuata nell'ambito di campagne di studio interattive condotte da gruppi di ricerca.

È utilizzato per la ricerca da università (pubbliche e private) nel campo delle telecomunicazioni. Periodicamente, visto il grande interesse che si è creato intorno alla struttura, è consentito l'accesso al pubblico per visitarla. e agenzie governative, nonché aziende commerciali interessate alle nuove tecnologie.

Alcune teorie del complotto, prive di prove oggettive e smentite dalla comunità scientifica, descrivono HAARP come un progetto che persegue scopi occulti, che vanno dalla creazione di un'ipotetica arma elettromagnetica per creare terremoti al controllo del clima. Queste speculazioni pseudoscientifiche sono per lo più legate alla teoria cospirativa delle scie chimiche, che hanno tutte un comune denominatore nelle teorie cospirative di David Icke e dei suoi sostenitori.

La maggior parte di queste teorie è in netto contrasto con le leggi della fisica e, anche nei casi in cui esiste un minimo di plausibilità, i fenomeni descritti richiederebbero potenze migliaia o milioni di volte superiori a quelle che HAARP sviluppa (o anche a quelle che potrebbe teoricamente sviluppare). Con un semplice calcolo, è possibile stimare la densità di potenza massima (la potenza in ogni singolo punto) dei segnali emessi dal sistema. Ad esempio, a un'altitudine di 100 km (nella ionosfera), utilizzando tutte le 180 antenne dell'impianto si otterrà un'area interessata di (100*100)/180=55 km² (ogni antenna colpirà un'area pari al quadrato della distanza, e 180 antenne produrranno un fascio 180 volte più stretto e 180 volte più potente di una singola antenna). La potenza massima sviluppata dall'impianto è di 3,6 MW (3,6 milioni di watt), che divisa per l'area interessata (55 km²), dà la potenza irrisoria di 0,07 watt per metro quadro. Inoltre, considerando il guadagno delle antenne (31 dB), la potenza si riduce ulteriormente a 0,03 watt per metro quadro, pari all'incirca a quella di un telefono cellulare tenuto a un metro di distanza. Il raggio, una volta riflesso dalla ionosfera, si disperde su un'area di decine di migliaia di chilometri quadrati, per cui la densità di potenza della radiazione elettromagnetica che raggiunge il suolo è dell'ordine dei milionesimi di watt per metro quadro, inferiore a quella di qualsiasi elettrodomestico. Pertanto, anche se fosse possibile influenzare il clima o la geologia con le onde elettromagnetiche (e finora non è stato trovato o ipotizzato alcun meccanismo per farlo), la potenza che può essere generata da HAARP non sarebbe comunque sufficiente.