L'installation HAARP est capable d'envoyer des ondes radio dans l'ionosphère. Lorsque les ondes atteignent l'ionosphère, elles la réchauffent et provoquent de légères perturbations, semblables à celles causées par le rayonnement solaire, mais beaucoup plus faibles. L'objectif est d'étudier comment ces perturbations affectent les communications à courte et à longue distance. La plupart des recherches effectuées à l'aide des installations sont du domaine public, de même que l'étude d'impact sur l'environnement réalisée sur l'installation par plusieurs organismes indépendants. Une petite partie de la recherche est d'intérêt militaire et les résultats de cette recherche ne sont pas publiés. Ces recherches concernent les communications radio à longue distance et les communications sous-marines, pour lesquelles l'utilisation d'ondes radio réfléchies par l'ionosphère semble présenter un potentiel considérable.

La recherche fondamentale menée à l'aide de HAARP concerne l'étude des phénomènes naturels résultant de l'interaction du rayonnement solaire et des ondes radio avec l'ionosphère. La recherche appliquée concerne l'utilisation des effets produits sur l'ionosphère dans la technologie, notamment dans le domaine des télécommunications.

L'emplacement de l'installation est optimal car il offre une grande variété de conditions ionosphériques à étudier[9]. Le site offre également un environnement électromagnétique calme, car il n'y a pas de sources de bruit environnantes telles que celles produites par les villes ou les établissements industriels voisins[9]. La surveillance est assurée en continu par des instruments passifs, et les données recueillies sont traitées et mises à disposition sous forme de diagrammes sur le site web officiel[10] ; les émissions à haute fréquence, quant à elles, sont réalisées dans le cadre de campagnes d'études interactives menées par des groupes de recherche.

Il est utilisé pour la recherche par les universités (publiques et privées) dans le domaine des télécommunications. Périodiquement, compte tenu du grand intérêt suscité par l'installation, le public est autorisé à visiter les installations. L'installation est également utilisée par des agences gouvernementales et des entreprises commerciales intéressées par les nouvelles technologies.

Certaines théories du complot, dépourvues de preuves objectives et réfutées par la communauté scientifique, décrivent HAARP comme un projet poursuivant des objectifs occultes, allant de la création d'une hypothétique arme électromagnétique pour créer des tremblements de terre au contrôle du climat. Ces spéculations pseudo-scientifiques sont pour la plupart liées à la théorie de la conspiration des chemtrails, toutes ayant un dénominateur commun dans les théories de la conspiration de David Icke et de ses partisans.

La plupart de ces théories sont en contradiction flagrante avec les lois de la physique, et même dans les cas où elles sont un tant soit peu plausibles, les phénomènes décrits nécessiteraient des puissances des milliers ou des millions de fois supérieures à celles que HAARP développe (ou même à celles qu'il pourrait théoriquement développer). Un simple calcul permet d'estimer la densité de puissance maximale (puissance en chaque point) des signaux émis par le système. Par exemple, à une altitude de 100 km (dans l'ionosphère), l'utilisation des 180 antennes de l'installation se traduira par une zone affectée de (100*100)/180=55 km² (chaque antenne touchera une zone égale au carré de la distance, et 180 antennes produiront un faisceau 180 fois plus étroit et 180 fois plus puissant qu'une seule antenne). La puissance maximale développée par l'installation est de 3,6 MW (3,6 millions de watts), ce qui divisé par la surface touchée (55 km²), donne la puissance dérisoire de 0,07 watts par mètre carré. En outre, compte tenu du gain des antennes (31 dB), la puissance est encore réduite à 0,03 watt par mètre carré, ce qui correspond à peu près à celle d'un téléphone portable tenu à un mètre de distance. Le rayon, une fois réfléchi par l'ionosphère, se disperse sur une zone de dizaines de milliers de kilomètres carrés, de sorte que la densité de puissance du rayonnement électromagnétique atteignant le sol est de l'ordre du millionième de watt par mètre carré, inférieure à celle de n'importe quel appareil ménager. Par conséquent, même s'il était possible d'influencer le climat ou la géologie à l'aide d'ondes électromagnétiques (et jusqu'à présent, aucun mécanisme n'a été trouvé ou n'a fait l'objet d'une hypothèse à cet effet), la puissance pouvant être générée par HAARP ne serait pas suffisante.