HAARP-anläggningen kan skicka radiovågor in i jonosfären. När vågorna träffar jonosfären värms den upp och orsakar små störningar, liknande de som orsakas av solstrålning, men betydligt svagare. Syftet är att studera hur dessa störningar påverkar kort- och långdistanskommunikation. Merparten av den forskning som bedrivs med hjälp av anläggningarna är offentlig, liksom den miljökonsekvensbeskrivning som utförs av ett antal oberoende organ. En liten del av forskningen är av militärt intresse och resultaten av denna forskning publiceras inte. Forskningen handlar om långdistansradiokommunikation och undervattenskommunikation, där användningen av radiovågor som reflekteras från jonosfären verkar ha stor potential.

Den grundforskning som utförs med hjälp av HAARP handlar om att studera naturfenomen som uppstår till följd av växelverkan mellan solstrålning och radiovågor och jonosfären. Tillämpad forskning handlar om användningen av effekterna på jonosfären inom teknik, särskilt inom telekommunikationsområdet.

Placeringen av anläggningen är optimal eftersom den erbjuder en mängd olika jonosfäriska förhållanden att studera. Platsen erbjuder också ett lugnt elektromagnetiskt läge eftersom det inte finns några omgivande bullerkällor som kan produceras av närliggande städer eller industrisamhällen. Övervakningen sker kontinuerligt med passiv instrumentering, och de insamlade uppgifterna bearbetas och görs tillgängliga genom diagram på den officiella webbplatsen[10]. Högfrekvent emission utförs å andra sidan som en del av interaktiva forskningskampanjer genomförda av forskningsgrupper.

Anläggningen används för forskning av både offentliga och privata universitet inom telekommunikationsområdet. Med jämna mellanrum, med tanke på det stora intresse som genereras kring anläggningen, får allmänheten tillträde att besöka anläggningarna och statliga myndigheter samt kommersiella företag som är intresserade av ny teknik.

Vissa konspirationsteorier, som saknar objektiva bevis och motbevisas av det vetenskapliga samfundet, beskriver HAARP som ett projekt i strävan efter ockulta syften, allt från skapandet av ett hypotetiskt elektromagnetiskt vapen för att skapa jordbävningar till klimatkontroll. Sådana pseudovetenskapliga spekulationer är oftast relaterade till konspirationsteorin om chemtrails, som alla har en gemensam nämnare i David Ickes och hans anhängares konspirationsteorier.

De flesta av dessa teorier står i skarp kontrast till fysikens lagar, och även i fall där det finns ett minimum av rimlighet, skulle de beskrivna fenomenen kräva krafter som är tusentals eller miljoner gånger större än de som HAARP utvecklar (eller till och med de som den teoretiskt skulle kunna utveckla). Med en enkel beräkning är det möjligt att uppskatta den maximala effekttätheten (effekten vid varje enskild punkt) för signalerna som sänds ut av systemet. Till exempel, på en höjd av 100 km (i jonosfären) kommer användning av alla 180 antenner i växten att resultera i ett påverkat område på (100*100)/180=55 km² (varje antenn kommer att träffa ett område som är lika med kvadraten på avståndet, och 180 antenner kommer att producera en stråle som är 180 gånger smalare och 180 gånger kraftfullare än en enda antenn). Den maximala effekten som utvecklas av anläggningen är 3,6 MW (3,6 miljoner watt), vilket dividerat med det berörda området (55 km²) ger den löjeväckande effekten på 0,07 watt per kvadratmeter. Dessutom, med tanke på antennernas förstärkning (31 dB), reduceras effekten ytterligare till 0,03 watt per kvadratmeter, ungefär lika med en mobiltelefon som hålls en meter bort. Strålen, som en gång reflekteras av jonosfären, sprids över ett område på tiotusentals kvadratkilometer, så effekttätheten hos den elektromagnetiska strålningen som når marken är i storleksordningen miljondelar av en watt per kvadratmeter, lägre än för någon hushållsapparat. Därför, även om det vore möjligt att påverka klimatet eller geologin med elektromagnetiska vågor (och hittills har ingen mekanism hittats eller hypotesen att göra det), skulle den kraft som kan genereras av HAARP fortfarande inte vara tillräcklig.